2006年12月18日，杭州機場與“全球最佳機場”——香港國際機場，進行戰略性的全面合資合作，學習借鑒國際先進機場的管理經驗，由此成為中國內地首家整體對外合資的機場。

為增強發展后勁，提升綜合服務保障能力，杭州機場于2006年啟動了二期擴建工程。2007年11月8日，二期工程正式開工建設，以2020年為建設目標年，新建國際航站樓、第二國內航站樓和第二跑道，工程于2012年12月30日全部建成投運。

二期工程的建成啟用后，大大改善了杭州機場的運營品質。今后，機場將開辟更多的國內外航線，為中外旅客提供更加安全、舒適、便捷的乘機服務，為公眾出行提供更多的選擇；將為杭州機場按照國務院《關于促進民航業發展的若干意見》，進一步加快打造區域性航空樞紐和現代化航空城的步伐，實現跨越式發展奠定堅實的基礎；也將助推浙江產業經濟的轉型升級，為建設"物質富裕，精神富有"的現代化浙江注入強勁動力。